VR
 

L'addestramento che Solid Snake non ha mai potuto sopportare, ma che ha comunque affrontato, è tornato: l'addestramento in Virtual Reality o, per meglio dire, in VR. Il sistema VR proietta un individuo in un'ambientazione virtuale, proprio come un videogame, nella quale questo deve riuscire a raggiungere l'obiettivo richiesto dall'intelligenza artificiale programmata. Superare sistemi di sicurezza, colpire bersagli in cecchinaggio e sfuggire a soldati alti 30 metri sono solo alcuni degli obiettivi da raggiungere affrontando le missioni VR. Con questo addestramento sono state istruite le già note truppe della Next Generation e, in Metal Gear Solid 2, anche Raiden, che crede profondamente in questo sistema di apprendimento. Al contrario, Snake lo trova assolutamente illusorio e poco adatto.

In Substance vi troverete, come avveniva nel primo capitolo per Play Station, ad affrontare diverse categorie di Missioni VR: le Sneaking Missions, dove dovrete raggiungere un punto precisato senzafarvi individuare dai soldati. Il Weapon Mode, dove dovrete abbattere dei bersagli con l'arma da fuoco indicata nelle istruzioni della missione. L'innovativa First Person View Mode, che vi pone, con assoluta novità, innanzi a delle missioni da affrontare solo ed esclusivamente vedendo in prima persona, con un nuovo sistema di controllo che, però, non ci è risultato particolarmente gradito e tantomeno adatto a Metal Gear. L'ultima modalità è il Variety Mode, che, come dice lo stesso nome, prevede missioni di varia natura, spesso piuttosto curiosa, come quella dove dovrete raggiungere un punto prestabilito senza farvi scoprire da enormi sentinelle che passeggiano nella zona.
I personaggi utilizzabili sono piuttosto numerosi: Solid Snake, Snake Tuxedo (accompagnato da un sonoro alla James Bond), Snake MGS1, Iroquois Pliskin. Inoltre, potremo vestire i panni di Raiden, Ninja Raiden e Naked Raiden.